Služba obavlja poslove primarne i sekundarne prevencije zaraznih i kroničnih nezaraznih bolesti, te u tu svrhu prikuplja podatke o kretanju zaraznih bolesti prema prijavama pojedinačnih oboljenja ili epidemija koje pristižu iz ordinacija primarne zdravstvene zaštite, iz bolnica i laboratorija, kao i podatke o kroničnim nezaraznim bolestima na temelju izvješća o kroničnim bolestima visokoga javnozdravstvenog prioriteta. Temeljem prikupljenih podataka Služba planira i obavlja poslove nadzora nad pojedincima i grupama kod kojih je izražen visok rizik obolijevanja od zaraznih i kroničnih nezaraznih bolesti. Sudjeluje u izradi i provedbi pojedinih programa od javnozdravstvenog interesa u redovnim i izvanrednim prilikama. Radi na zdravstvenom prosvjećivanju opće populacije i posebno ugroženih skupina. U okviru nadležnosti predlaže operativne postupke u cilju zaštite zdravlja ljudi kod higijensko-epidemioloških indikacija sukladno Zakonu o zaštiti pučanstva od zaraznih bolesti i drugim propisima iz područja zaštite zdravlja ljudi i zaštite okoliša.
Sudjeluje u izradi i provedbi pojedinih programa od javnozdravstvenog interesa u redovnim i izvanrednim prilikama.
Služba provodi stručna i znanstvena istraživanja iz domene epidemiologije i javnoga zdravstva. Radi na zdravstvenom prosvjećivanju opće populacije i posebno ugroženih skupina.
U okviru nadležnosti, predlaže operativne postupke u cilju zaštite zdravlja ljudi kod higijensko-epidemioloških indikacija, sukladno Zakonu o zaštiti pučanstva od zaraznih bolesti i drugim propisima iz područja zaštite zdravlja ljudi i zaštite okoliša u slučajevima akcidentalnih onečišćenja.
U svom radu kontinuirano surađuje sa sanitarnom inspekcijom i svim relevantnim javnozdravstvenim institucijama (Hrvatski zavod za javno zdravstvo, Hrvatski zavod za zdravstveno osiguranje, Gradski ured za zdravstvo, Hrvatski zavod za toksikologiju) te ostalim dijelovima zdravstvenog sustava.